מתוך הבנת הצורך הרשות בנתה מספר מסלולים המקנים ליזמים העונים על דרישות הסף יתרון משמעותי 1. מסלול לנשים יזמיות רשות החדשנות השיקה מסלול יעודי, לסטרטאפים שהוקמו על-ידי יזמיות. מדובר במסלול ייעודי לתמיכה מוגדלת במיזמים של נשים בשלב ההזנק, במטרה להכפיל את מספר היזמיות הנתמכות על ידי הרשות תוך שנתיים. במסגרת המסלול, מיזמים בבעלות יזמיות, יזכו למענק שיעמוד על 75% מימון, מעלות פרויקט המו"פ בשנה ראשונה ו-70% בשנה השנייה (במקום 50% בערוץ הרגיל). לצד המענק הכספי, רשות החדשנות תעניק ליזמיות חשיפה והדרכה ייעודית על כלל מסלולי רשות החדשנות, תוך מאמץ ממוקד להביא למיצוי כלי התמיכה העומדים לרשותן.
2. חדשנות טכנולוגית לתעשייה, המוכוונת לאתגרי המגזר הציבורי המסלול לעידוד חדשנות טכנולוגית בתעשייה המוכוונת לאתגרי המגזר הציבורי הושק במטרה לתת הזדמנות ליזמים לפתח מוצרים ותהליכים שייתנו מענה לאתגרי המגזר הציבורי וצרכיו באמצעות טכנולוגיות חדשניות. תוצרי המסלול יאפשרו שיפור איכות השירות שנותנים משרדי ממשלה או גופים ציבוריים, לרבות הנגשה טובה יותר של שירותים לציבור, הקטנת הביורוקרטיה הממשלתית, הגנה על מידע ציבורי והנגשת מידע לציבור. היתרון הגדול של המסלול הוא בכך, שלא רק רמת החדשנות הטכנולוגית תקבע האם תקבלו את המענק. רשות החדשנות מתחשבת בחדשנות פונקציונלית, המשרתת את אתגרי המגזר הציבורי. המסלול מהווה כלי נוסף של הממשלה, באמצעות רשות החדשנות, במטרה לקדם חדשנות במוסדות ממשלתיים, באמצעות רכש מקדים של פתרונות טכנולוגיים חדשניים.
